Las relaciones comerciales entre la UE y Filipinas se basan en el Acuerdo Marco Bilateral de Colaboración y Cooperación, en vigor desde marzo de 2018, que contiene compromisos de cooperación y diálogo en el ámbito político, social y económico. Filipinas se beneficia, desde 2014, del régimen especial de estímulo del desarrollo sostenible y la buena gobernanza (régimen SPG+) del Sistema de Preferencias Generalizadas de la UE, que permite el acceso de productos filipinos al mercado comunitario en condiciones preferenciales mejoradas.

En abril de 2007, el Consejo de la Unión Europea autorizó a la Comisión Europea a entablar negociaciones para un acuerdo de libre comercio con la Asociación de Naciones del Sudeste Asiático (ASEAN), de la que es miembro Filipinas. Sin embargo, en diciembre de 2009, las negociaciones con la ASEAN se suspendieron y dieron paso a negociaciones bilaterales con los Estados miembros de ASEAN, de manera individual. Pese a ello, se mantuvo el objetivo estratégico de negociar un acuerdo regional UE-ASEAN.

En este contexto, las negociaciones del Acuerdo de Libre Comercio UE-Filipinas se iniciaron en 2015. Se celebraron dos rondas de negociación, la última de ellas en febrero de 2017. Tras 8 años sin avances debido a la preocupación de la UE por la situación político-social y la protección de los Derechos Humanos en el país, en julio de 2023 el presidente de Filipinas y la presidenta de la CE acordaron su intención de retomar las negociaciones.