A través de las medidas de política comercial (competencia exclusiva de la UE) la UE puede modular el pago de los aranceles aplicados en su territorio. Como medio para proteger los intereses económicos de la Unión Europea, el pago del arancel puede estar sometido a reducciones o bien pueden existir pagos adicionales al mismo, en función de la naturaleza y el origen de las mercancías.

Entre las reducciones arancelarias que la UE puede aplicar se encuentran los contingentes y suspensiones arancelarias, la posibilidad de incluir las mercancías en el régimen de Tráfico de Perfeccionamiento Activo o Pasivo así como la importación desde países que gozan de preferencias arancelarias  en virtud de los regímenes comerciales preferenciales de la UE incluidos los acuerdos preferenciales y los regímenes autónomos como el Sistema de Preferencias Generalizadas (SPG) . Asimismo, las mercancías importadas pueden estar sometidas a la aplicación de medidas de defensa comercial (medidas antidumping, antisubvención y de salvaguardia) que conllevan el pago de un arancel adicional. Por último, para la aplicación de las medidas de política comercial y por tanto para la determinación del pago de los aranceles y/o es importante determinar el origen de las mercancías.